صرف نظر از اينکه صرف اعتراض طرفين پرونده موجب ارجاع امر به هيأت کارشناسي نيست، در فرض سؤال که شاکي و متهمان به نظريه کارشناس اعتراض دارند، طبق ماده 560 قانون آيين دادرسي کيفري مصوب 1392 اولاً از متهمان ولو اينکه معترض به نظريه کارشناس باشند، هيچ هزينه‌اي نبايد اخذ شود. ثانياً از سياق اين ماده استنباط مي‌شود که به لحاظ اعتراض شاکي و درخواست وي براي انجام کارشناسي مجدد، وظيفه پرداخت هزينه کارشناسي قانوناً ير عهده شاکي است. بنابراين، در صورتي‌که به تشخيص مقام قضايي، شاکي قادر به پرداخت هزينه کارشناسي نباشد، به تجويز تبصره يک اين ماده، هزينه کارشناسي از اعتبارات قوه قضاييه پرداخت مي‌شود. اما در صورتي‌که شاکي توان پرداخت داشته باشد، ولي از پرداخت آن امتناع کند، هزينه کارشناسي از محل اعتبارات يادشده پرداخت و مراتب به دادستان اعلام مي‌شود تا به ترتيب مقرر در ماده فوق‌الذکر، هزينه کارشناسي پرداخت شده را از طريق اجراي احکام مدني از شاکي وصول و به حساب مربوط در خزانه‌داري کل واريز کنند.